приложение написаное в среде linux будет ли оно работать в Windows если я упакую его в Docker?

Докер - это только контейнер, работающий поверх базовой системы, а не полноценная виртуальная машина. Соответственно в общем случае докер сам по себе не делает приложения переносимыми. Причем это относится не только к переносу на совершенно другую систему, но и к переносу на другой вариант линукса, или даже на тот же вариант линукса, но с другими настройками.