SQL прервалась нумерация

Есть ли средство восстановить сквозную нумерацию?

Нет, потому что никакого порядка записей в БД не существует.

Но можно сделать сквозную нумерацию записей в результате запроса на основании его сортировки:

set @rownum := 0; 
select @rownum := @rownum+1 as rownum, id from (
    select 1 as id union all
    select 2 as id union all
    select 9 as id
order by id asc
) q

rownum  id
------  --
1       1
2       2
3       9

Если это не то, что нужно, то вы явно делаете что-то не то.

На fiddle.