Возможно ли в Git изменить(не удалить) конкретный файл во всей истории

Можно создать новую историю, очень похожую на текущую, но содержащую другую версию файла.

Делается это при помощи интерактивного rebase

Подробности можно прочитать в git-book, глава 7.6 Инструменты Git - Исправление истории

Как только на старую историю не будет ссылаться ни одна ветка/метка, она будет автоматически удалена.

UPD

Для случаев, когда нужно изменить большое количество коммитов, есть вариант автоматизации rebase — git filter-branch. Он позволяет автоматизировать изменения не только содержимого, но и параметров коммита, таких как сообщение, автор и дата. Подробности по той же ссылке.

Я думаю вам поможет git rebase -i