Как имплементировать tree в Java?

Если строить дерево на каких-то простых структурах, то нужно использовать Map, так как дерево имеет одно ключевое значение и несколько дочерних. Поскольку в данном случае мы работает с String, это будет множество вида Map<String, Map<String, Map<String, Map<String, .... >>>>. Работать с такой структурой без какой-либо оболочки достаточно затруднительно.

Поскольку у нас конечное кол-во вариантов и дерево ограничено тремя уровнями, его можно построить так начиная с конца:

    Map<String, List<String>> destinationMap = new LinkedHashMap<String, List<String>>();
    for(int i = 0; i < destinations.size(); i++) {
        destinationMap.put(destinations.get(i), distances.subList(i*10, i*10 + 10));
    }
    Map<String, Map<String, List<String>>>  originsMap = new LinkedHashMap<String, Map<String, List<String>>>();
    for(int i = 0; i < origins.size(); i++) {
        originsMap.put(origins.get(i), destinationMap);
    }
    List<String> distanceList = originsMap.get("o5").get("d3");

Получается своеобразное дерево. Мы получим в качестве ключа String, а в качестве потомков Map<String, List<String>> и List<String> на втором и третьем уровне дерева соответственно.

Если бы дерево было больше, то задача бы усложнилась. Поэтому как по мне легче такие вещи строить на классах, которые включают друг друга:

class Node {
    private String key;
    private Node parent;
    private List<Node> childs;
}

Ну или так, если делать полную и правильную реализацию: https://stackoverflow.com/questions/19330731/tree-implementation-in-java-root-parents-and-children

В данном случае достаточно будет такой структуры на классах:

public class Root {

    private List<Origin> origins;

    public Origin get(String name) {
        for(Origin origin : origins)
            if(origin.getName().equals(name))
                return origin;
        return null;
    }

    public Root(List<String> origins, List<String> destinations, List<String> distances ) {
        List<Destination> destinationList = new ArrayList<Destination>();
        for(int i = 0; i < destinations.size(); i++) {
            destinationList.add(new Destination(destinations.get(i), distances.subList(i*10, i*10 + 10)));
        }

        List<Origin> originsList = new ArrayList<Origin>();
        for(int i = 0; i < origins.size(); i++) {
            originsList.add(new Origin(origins.get(i), destinationList));
        }

        this.origins = originsList;
    }

    public List<Origin> getOrigins() {
        return origins;
    }

    public void setOrigins(List<Origin> origins) {
        this.origins = origins;
    }
}

public class Origin {
    private String name;
    private List<Destination> destinations;

    public Destination get(String name) {
        for(Destination destination : destinations)
            if(destination.getName().equals(name))
                return destination;
        return null;
    }

    public Origin(String name, List<Destination> destinations) {
        this.name = name;
        this.destinations = destinations;
    }

    public String getName() {
        return name;
    }

    public void setName(String name) {
        this.name = name;
    }

    public List<Destination> getDestinations() {
        return destinations;
    }

    public void setDestinations(List<Destination> destinations) {
        this.destinations = destinations;
    }
}

public class Destination {
    private String name;
    private List<Distance> distances = new ArrayList<Distance>();

    public Distance get(String name) {
        for(Distance distance : distances)
            if(distance.getName().equals(name))
                return distance;
        return null;
    }

    public Destination(String name, List<String> distances) {
        this.name = name;
        for(String el : distances)
            this.distances.add(new Distance(el));
    }

    public String getName() {
        return name;
    }

    public void setName(String name) {
        this.name = name;
    }

    public List<Distance> getDistances() {
        return distances;
    }

    public void setDistances(List<Distance> distances) {
        this.distances = distances;
    }
}

public class Distance {
    private String name;

    public Distance(String name) {
        this.name = name;
    }

    public String getName() {
        return name;
    }

    public void setName(String name) {
        this.name = name;
    }
}

public class Main {
    public static void main(String[] args) {
        List<String> origins = Arrays.asList("o1", "o2", "o3", "o4", "o5", "o6", "o7", "o8", "o9", "o10");
        List<String> destinations = Arrays.asList("d1", "d2", "d3", "d4", "d5", "d6", "d7", "d8", "d9", "d10");
        List<String> distances = Arrays.asList("1", "2", "3", "4", "5", "6", "7", "8", "9", "10",
                "11", "12", "13", "14", "15", "16", "17", "18", "19", "20",
                "21", "22", "23", "24", "25", "26", "27", "28", "29", "30",
                "31", "32", "33", "34", "35", "36", "37", "38", "39", "40",
                "41", "42", "43", "44", "45", "46", "47", "48", "49", "50",
                "51", "52", "53", "54", "55", "56", "57", "58", "59", "60",
                "61", "62", "63", "64", "65", "66", "67", "68", "69", "70",
                "71", "72", "73", "74", "75", "76", "77", "78", "79", "80",
                "81", "82", "83", "84", "85", "86", "87", "88", "89", "90",
                "91", "92", "93", "94", "95", "96", "97", "98", "99", "100");


        Root root = new Root(origins, destinations, distances);
        List<Distance> distanceList = root.get("o2").get("d5").getDistances();

        System.out.println(distanceList.toString());
    }
}