Указать путь к директории через JavaScript

Уберите имя домена с адреса:

style.href = "/wp-content/themes/acquirev/other/pagepiling/jquery.pagepiling.min.css";

Примерно так:

<script>style.href = '<?php echo get_style_href(); ?>';</script>

Функция get_style_href() должна возвращать нужный URL.

Используйте wp_localize_script в который передавайте любые переменный из php к js:

add_action( 'wp_enqueue_scripts', 'enqueue_scripts' );
function enqueue_scripts() {
    wp_enqueue_script(
        'some-name',
        plugin_dir_url( __FILE__ ) . '/assets/js/main.js',
        [],
        '1.0.0',
        true
    );
    wp_localize_script(
        'some-name',
        [
            'url'   => get_template_directory_uri()
        ]
    );
}

js-file:

style.href = some.url;