Структура папок и классов в проекте C#

Структура должна быть максимально простой и понятной не только вам, но и остальным. Один из возможных вариантов, это от файлов, которые хранят высокоуровневые методы, классы, и т.д. до низших. К примеру:

// Основные классы, которые будут дальше использоваться в проекте,
// реализующие некие интерфейсы.
Core -> (Interfaces) & (Classes)

// Тут будем хранить классы, которые используют уже основные классы,
// методы и т.д.
Сlasses -> { ... ... ...}

// Тут будем хранить кастомные контролы,
// которые будут реализовываться в проекте.
Controls -> { ... ... ...}

// Тут будем хранить формы, которые уже будут использовать (например)
// наши контролы, классы, методы, и т.д.
Forms -> { ... ... ...}

// Тут будем хранить какие-то стили, современные палитры цветов,
// которые мы хотим использовать в проекте.
Styles -> { ... ... ...}

// Тут будем хранить остальной полезный "хлам",
// который уже некуда приткнуть.
Other -> { ... ... ...}

Подключать наши расфасованные классы, стили и т.д. будем так:

using (namespace проекта).Core.Classes;
using (namespace проекта).Classes;

... и т.д.

Вообще можете сами использовать любую структуру, какую только захотите, но постарайтесь сделать так, чтоб навигация по папкам была интуитивно понятной и логичной.

P.S. Структурировать файлы необходимо начинать с самого начала разработки проекта, иначе могут возникнуть неприятные проблемы, связанные с названиями проектов, бесконечными перемещениями файлов из папки в папку - всё это до добра не доведёт.