Как зная id медиафайла прикрепить его к записи

Attachment это тоже post с пост типом attachment. Attachment c post связываются через поле post_parent:

wp_update_post( array(
        'ID' => $attachment_id,
        'post_parent' => $post_id
    )
);

Либо через $wpdb:

global $wpdb;
$wpdb->query(
    "
    UPDATE $wpdb->posts 
    SET post_parent = $post_id
    WHERE ID = $attachment_id
        AND post_type = 'attachment'
    "
);