Лучший способ сохранения не только GameObject-ов, но и всего остального это использоватьPlayerPrefs и JsonUtility вместе.

Сохранение

Для сохранения в PlayerPrefs нужно писать так:

PlayerPrefs.SetString(string keyName, string objectToSave);

... где keyName это название ключа, а objetcToSave это на данном случае строковое поле которое мы хотим сохранить. Ключ это слово которое вы сами должны придумать и под этим названием будет сохраниться переменная.

А в JsonUtility сохраняем вот так:

string keyName = JsonUtility.ToJson(object objectToSave);

Ключ тут создаётся автоматически, при чём объект который вы хотите сохранить кодируется под строку (это и есть сам ключ).

Если их соединить получаем более качественный и удобный способ сохранения.

PlayerPrefs.SetString(string keyName, JsonUtility.ToJson(object objectToSave));

Тут вместо строки передаём зашифрованный ключ. Так сказать сохраняем ключ в ключе. В итоге у нас получается так:

private GameObject[] GameObjects;

public void Save()
{
    PlayerPrefs.SetString("SecretKey007" ,JsonUtility.ToJson(GameObjects));
}

Загрузка

Вы наверно думали зачем все эти ключи. Чтобы восстановить переменную - я скажу вам. В PlayerPrefs это выглядит так:

string objectToLoad = PlayerPrefs.GetString(string keyName);

В JsonUtility загрузка почти не отличается от PlayerPrefs только там надо определить тип объекта. То есть:

T objectToLoad = JsonUtility.FromJson<T>(string keyName);

Где T это тип - int, bool, object, Vector2, GameObject[] и так далее. Теперь соединяем:

private GameObject[] GameObjects;

public void Load()
{
    GameObjects = JsonUtility.FromJson<GameObject[]>(PlayePrefs.GetString("SecretKey007"));
}

Полный скрипт

Полный скрипт будет у нас таким:

private GameObject[] GameObjects;

public void Save()
{
    PlayerPrefs.SetString("SecretKey007" ,JsonUtility.ToJson(GameObjects));
}

public void Load()
{
    GameObjects = JsonUtility.FromJson<GameObject[]>(PlayePrefs.GetString("SecretKey007"));
}

Для дальнейшего сохранения и загрузки используем функции Save и Load. Например:

private void OnApplicationPause(bool isPaused)
{
    if(isPaused)
    {
        Save();
    }
    else
    {
        Load();
    }
}