Работа с List,Java

Ну если уж через итератор, как свидетельствует тэг, то завести счетчик на 1К и при каждой итерации уменьшать его. Соответственно, элементы копировать в другой список пока счетчик не достигнет 0.

 int size=myList.size();  //myList - ваш список
 List<Integer> subList=myList.subList(1000, size); //выделяем под список от 1000 до конца
 subList.clear(); //удаляем весь подсписок

P.S. Подсписок это не новый список, а некий вью на ваш основной список, копия не создается.