Как после каждой 3-й строки вставить символ?

Можно прибегнуть к обыкновенному счетчику

buffer = ""
with open(filename, 'r') as f:
    i = 0
    for line in f:
        buffer += line
        i+=1
        if i == 3:
            i = 0
            buffer += userword
with open(wfilename, 'w') as f:
    f.write(buffer)

Простое решение читать из файла, писать прочитанное во временный файл или в память. По завершении операции перезаписать файл.