Как поправить историю коммитов

В этом фрагменте истории видно что до комита 785321e разработка велась таким образом: каждый раз чтобы добавить новую функцию или исправить ошибку создавалась новая ветка. После окончания работы в ветке она сливалась в master.

Важный момент, что всегда в работе была только одна ветка (не считая master).

После 785321e видно важное изменение, а именно: от этого комита породили две паралельных ветки - make и modes. Поэтому история разошлась. Работа велась параллельно в двух ветках.

Далее, ветка make была слита в master, а modes - еще нет (кроме того от нее породили еще одну ветку - menu).

Именно так следует читать красную трехпутевую (если можна так выразиться) развилку и петлю после комита 785321e.

В этом нет ничего страшного, это обычное дело, когда ведется параллельная работа.

Есть возможность удалить разветвление путем переноса базы веток modes и menu на комит 6cd0ffe. Это можно сделать командой git rebase, но я бы не заморачивался.