Почему функция filter фильтрует 0 вместе с заданными по условию?

filter(func, iterable) - фильтрует элементы iterable, проверяя условие bool(func(item)) == True. Когда элементом является 0 - вы вместо того чтобы вернуть True / False, возвращаете сам элемент, т.е. 0.

In [157]: bool(0)
Out[157]: False

Note that filter(function, iterable) is equivalent to the generator expression (item for item in iterable if function(item)) if function is not None and (item for item in iterable if item) if function is None.

Сделайте так - выглядит понятнее и работать будет правильно:

In [156]: list(filter(lambda x: x >= 0, a1))
Out[156]: [27, 1000, 0]

Фильтруется потому что ты вместо истинного значения возвращаешь сам элемент, а 0 ложен. Надо возвращать значение самого условия, а не городить условный оператор. Но можно вообще записать красивее сразу через список с выражением.

https://ideone.com/mJJVRp

a = [-10, 27, 1000, -1, 0, -30]
b = list(filter(lambda x: x >= 0, a))
c = [x for x in a if x >= 0]

print(b)
print(c)