Считывание информации из файла

У вас очень странный подход к решению задачи. Ваши интерфейсы работают с 3 массивами , один из которых двухмерный. Это крайне неудобно с точки зрения реализации дальнейшей бизнесс-логики. Но если это уже реализовано и вам действительно необходимо получит данные в таком виде, то я бы предложил сделать специальный класс, который будет вычитывать из файла и готовить для вас все необходимые данные в виде, с которым работают ваши интерфейсы (3 массива). Для реализации нашего класса сделаем 4 метода: 3 из которых будут формировать 3 целевых массива, а четвертый - читать файл в двухмерный исходный массив. Конструктор будет принимать имя файла, вызывать указанные приватные методы, инициализируя поля (3 нужных нам массива). ну и, разумеется, геттеры для того, чтобы получит наши массивы. посему реализация выглядит так:

import java.io.IOException;
import java.nio.file.Files;
import java.nio.file.Paths;
import java.util.ArrayList;
import java.util.Arrays;
import java.util.List;
import java.util.stream.Stream;

public class Matrix {

    private final Double [] shops;
    private final Double [] buyers;
    private final Double [][] prices;

    public Matrix(String fileName) throws IOException {
        final Double[][] sourceArray = readFile(fileName);
        this.shops = createShops(sourceArray);
        this.buyers = createBuyers(sourceArray);
        this.prices = createPrices(sourceArray);
    }

    private Double[][] readFile(String fileName) throws IOException {
        try (Stream<String> stream = Files.lines(Paths.get(fileName))) {
            return stream
                    .map(i -> Arrays.stream(i.split(" "))
                        .peek(String::trim)
                        .map(Double::valueOf)
                        .toArray(Double[]::new))
                    .toArray(Double[][]::new);
        }
    }

    private Double[] createBuyers (Double[][] sourceArray) {
        return Arrays.copyOf(sourceArray[sourceArray.length - 1], sourceArray[sourceArray.length - 1].length);
    }

    private Double[] createShops (Double[][] sourceArray) {
            final List<Double> buyers = new ArrayList<>();
            for (int i = 0; i < sourceArray.length-1; i++) {
                if (sourceArray[0].length==sourceArray[i].length) 
                    buyers.add(sourceArray[i][sourceArray[i].length-1]);
            }
            return buyers.toArray(new Double[buyers.size()]);
    }

    private Double[][] createPrices(Double[][] sourceArray) {
        final Double[][] distArray = new Double[sourceArray.length - 1][sourceArray[0].length - 1];
        for (int i = 0; i < sourceArray.length - 1; i++) 
            System.arraycopy(sourceArray[i], 0, distArray[i], 0, sourceArray[i].length - 1);
        return distArray;
    }

    public Double[] getShops() {
        return shops;
    }

    public Double[] getBuyers() {
        return buyers;
    }

    public Double[][] getPrices() {
        return prices;
    }

}

P.S. хорошенько подумайте переде тем, как считать деньги в double, это совсем треш (никогда так не делайте на реальных проектах, только лонг).

Используем класс так:

import java.io.IOException;
import java.util.Arrays;

public class Main {
    public static void main(String[] args) throws IOException {
        Matrix matrix = new Matrix("ex3.txt");
        System.out.println("************************************************************");
        System.out.println(Arrays.toString(matrix.getShops()));
        System.out.println(matrix.getShops().length);
        System.out.println("************************************************************");
        System.out.println(Arrays.toString(matrix.getBuyers()));
        System.out.println(matrix.getBuyers().length);
        System.out.println("************************************************************");
        System.out.println(Arrays.deepToString((matrix.getPrices())));
        System.out.println("************************************************************");

    }
}

Приведу решение в процедурном стиле.

int m = 3; // число строк матрицы затрат (число покупателей)
int n = 4; // число столбцов матрицы затрат (число магазинов)
double[][] c = new double[m][n];
double[] a = new double[m];
double[] b = new double[n];
Scanner sc = new Scanner(new FileInputStream("ex3.txt"));
for (int i = 0; i < m; i++) {
  for (int j = 0; j < n; j++) {
    c[i][j] = sc.nextDouble();
  }
  a[i] = sc.nextDouble();
}
for (int j = 0; j < n; j++) {
  b[j] = sc.nextDouble();
}
System.out.println(Arrays.deepToString(c));
System.out.println(Arrays.toString(a));
System.out.println(Arrays.toString(b));