программа по обработке строк

Вроде я разобрался в этом и сделал, но тому, кто писал код (в вопросе) - очень советую почитать про форматирование кода.

Также не совсем понятно чего вы пытались добиться этим:

int res=processLine(input,output1,false);

Вы вызываете функцию, принимающую два аргумента, а передаёте ей три, а потом ещё и пытаетесь возвращаемое значения типа string присвоить переменой типа int (int тип данных для целых чисел). Почитайте про типы данных и поймёте, что далеко не всё можно положить в int.

Сделал я без фишек QT вроде QString или QChar. В main вызывается функция обработки текста, результат записывается в файл output.txt. Вы пытались прочитать файл, вызывая функцию обработки, и имея только название файла (но не сам файл), а потом результат положить в переменную int и ждали, что в файле output.txt, которого опять же нет (только имя) окажется текст. Эта функция не читает и не записывает ничего в файл. И тем, что вы дадите ей имена нужных вам файлов - вы ничего не добьётесь. Она просто обработает имена и вернёт их. И вообще, лучше, как сказал Andrej Levkovitch сначала учите язык, а потом уже пишите код.

Также в файл ouput2.txt записывается тот же обработанный текст, но наоборот.

#include <iostream>
#include <cctype>
#include <fstream>

using namespace std;

const string separators = "\n !@:?#$%^&*()_+{}\\|/,.!-";
bool isSeparator(char ch)
{
    return separators.find(ch) != string::npos;
}

const string digits = "0123456789";
bool isNumeric(char ch)
{
    return digits.find(ch) != string::npos;
}

string reverse(const char* charstr)
{
    string result="";
    for (int i = sizeof(charstr) - 1; i >= 0; --i)
        result += charstr[i];
    return result;
}

string processLine(string line, bool rev)
{
    string word(""), new_line(""), result("");
    char prev_c('\n'), c;

    unsigned long long len = line.length();

    for (unsigned long long i = 0; i <= len; ++i) {
        c = i < len ? line.at(i) : '\n';

        if (isSeparator(c)) {
            if (isspace(c) && ((word.length() == 0 && new_line.length() == 0) || isspace(prev_c))) {
                // пробелы в начале или несколько пробелов между словами - ничего не делаем
            }
            else {
                if (c == '-' && i + 1 != len && isNumeric(line.at(i+1))) {
                    // это число со знаком минус
                    word += c;
                }
                else {
                    if (word.length() > 0) {
                        if (rev) {
                            //std::reverse(word.begin(), word.end());
                            word = reverse(word.c_str());
                        }
                        new_line += word;
                    }
                    if (c == '.' && isspace(prev_c)) {
                        // нужно удалить пробел перед точкой
                        new_line.erase(i - 1, 1);
                    }
                    if (c != '\n') new_line += c;
                    if (c == '.' || c == '\n') {
                        if (new_line.length()>0 && new_line!=".") result += (new_line+'\n');
                        new_line="";
                        word="";
                    }
                word = "";
                }
            }
        }
        else word += c;
        prev_c = c;
    }
    if (new_line.length() > 0) result += new_line;

    return result;
}

int main()
{
    string input = "input.txt";
    string output = "output.txt";
    string output_2 = "output2.txt";

    ifstream file(input);
    if (!file.is_open()){
        cout << "Error while opening the input file.";
        return 1;
    }

    ofstream out_file(output);
    if (!out_file.is_open()){
        cout << "Error while opening the output file.";
        file.close();
        return 1;
    }

    ofstream out_file2(output_2);
    if (!out_file2.is_open()){
        cout << "Error while opening the output 2 file.";
        file.close();
        out_file.close();
        return 1;
    }

    string tmp = "", res;
    while(getline(file, tmp)){
        res = processLine(tmp, false);
        out_file << res;

        res = processLine(tmp, true);
        out_file2 << res;
    }

    out_file.close();
    out_file2.close();
    file.close();

    cout << "Programm finished successfully";
    return 0;
}