Можно ли сделать так, чтобы два питоновских файла работали в одном окне Pygame?

Пусть у Вас есть 2 файла main.py и main1.py В main.py достаточно лишь добавить вначале строчку import main1.pyи использовать его функции.

Также можно использовать встроенную библиотеку os:

import os
os.system("python main1.py") #для linux os.system("python3 main1.py")

Но в этом случае файл main1.py просто запустится и его нельзя будет использовать для работы с окном из main.py