MX Linux установлено 2 python

там установлено 2 python, так и должно быть?

Да, это определено политикой дистрибутива Debian на базе которого собран MX Linux. Команда python запускает версию 2.x, а команда python3 версию 3.x.

как удалить python-2.x?

Не пытайтесь удалить python-2.x или изменить умолчания с помощью update-alternatives - это нарушит работоспособность некоторых системных пакетов.

как обновить python-3.x?

Обновлять python-3.x рекомендуется исключительно средствами самого linux-дистрибутива, т.к. с ним в комплекте идут многочисленные бинарные модули, скомпилированные с оптимальными установками для данной системы. Не стоит стремиться установить самую последнюю версию, только потому что это "круто" - сначала спросите себя: ради какой новой функцинальности я хочу это сделать?

Хочу дополнить ответ Spatz.

Действительно, системный питон нужен и удалять его опасно. Но если все же нужно использовать версию, которая не поддерживается дистрибутивом, или нужно использовать несколько версий, скажем, 3-го питона паралельно, то есть такая программа pyenv.

Она позволяет параллельно установить несколько версий питона и переключаться между ними (системный питон также трактуется, как одна из доступных версий). Так же pyenv позволяет указать конкретную версию (или virtualenv) для отдельной директории или сессии shell. Т.е. например, можно указать, глобально использовать одну версию, в папке проекта X - другую, а в конкретной сессии еще одну.

Важно, что при этом все версии установлены отдельно от системного питона и никак с ним не конфликтуют.