Проблема с запуском .py через virtualenv

Структура моего проекта вот такая:

При попытке запуска через консоль о выдаёт ошибку:

(venv) alex@alex-YOGA11S:~/Documents/PythonProjects/APrint$ python3 tests/tests.py 
Traceback (most recent call last):
  File "tests/tests.py", line 3, in <module>
    from Classes.Scanner import *
ModuleNotFoundError: No module named 'Classes'

Оно то и понятно, т.к. в папке тестов нет папки классов. Но если запускать файл через PyCharm то все работает, и ошибки не выдаёт (в качестве интепритатора выбрано именно это venv).

Пробывал в sys.path добавить путь к директории проекта. Все заработало, однако сгенерированные qr коды - результат работы программы помещаются в папку проекта, а не в папку tests. При запуске через PyCharm все работает нормально, сохраняет куда нужно.

Коды сохраняются при помощи

qr.save("qr({i}).jpg") #QR - PIL image class obj.