Как изменить цвет у динамически созданной фигуры, добавленной в WrapPanel wpf?

Несмотря на то, что вопрос явно не содержит источника проблемы, которую вы пытаетесь победить, задача выглядит интересно, и я покажу ее решение. Проблема скорее всего в том, что в процессе сортировки вы исполняете синхронный код, и интерфейс просто не обновляется до тех пор, пока метод не закончит свою работу. Для исправления данной проблемы лучше использовать асинхронный подход к реализации (см. Асинхронное программирование).

Второй момент заключается в том, что вы используете подход, не являющийся эффективным в WPF. Так как в процессе написания кода вам приходится взаимодействовать напрямую с контролами, а интерфейс контролов не оптимизирован для такого взаимодействия в WPF, он просто неудобен. Такой способ реализации больше подходит к WinForms.

В WPF для максимального удобства при написании кода лучше всего использовать привязки Binding, команды ICommand и отделить логику работы программы от самого интерфейса приложения, оповещая его с помощью реализации интерфейса INotifyPropertyChanged. А арихитектурно эти методики удобнее всего использовать в рамках шаблона программирования MVVM. Этот шаблон программирования очень популярен в WPF и UWP приложениях, и если интересно, вы сможете найти очень много примеров его применения, в том числе здесь на StackOverflow на русском.

Я написал демонстрационное приложение, которое делает примерно то, что вы задумали.

Часть 1. Вспомогательные классы

Эти классы предназначены для удобства при использовании команд и оповещения интерфейса.

NotifyPropertyChanged.cs

public class NotifyPropertyChanged : INotifyPropertyChanged
{
    public event PropertyChangedEventHandler PropertyChanged;
    protected virtual void OnPropertyChanged([CallerMemberName] string propertyName = null)
        => PropertyChanged?.Invoke(this, new PropertyChangedEventArgs(propertyName));
}

Я буду наследоваться от этого класса там, где мне надо оповещать интерфейс об изменениях свойства, чтобы сам интерфейс себя обновил. Делать это смогу с помощью простого вызова OnPropertyChanged() (см. код ниже).

RelayCommand.cs

public class RelayCommand : ICommand
{
    private readonly Action<object> _execute;
    private readonly Predicate<object> _canExecute;

    public event EventHandler CanExecuteChanged
    {
        add => CommandManager.RequerySuggested += value;
        remove => CommandManager.RequerySuggested -= value;
    }

    public RelayCommand(Action<object> execute, Predicate<object> canExecute = null)
        => (_execute, _canExecute) = (execute, canExecute);

    public bool CanExecute(object parameter)
        => _canExecute == null || _canExecute(parameter);

    public void Execute(object parameter)
        => _execute(parameter);
}

Родной API команд в WPF не то чтобы максимально удобен, и чтобы сделать реализацию команд в коде максимально простой, я буду использовать этот класс для создания экземпляра команды. Если кратко, то команды - это то что я буду использовать вместо обработчиков события Click в кнопках, но их много где в WPF можно использовать.

Часть 2. Реализация квадратика

Square.cs

public class Square : NotifyPropertyChanged
{
    private bool _isActive;

    public int Number { get; } // сюда привязано число внутри квадратика

    public int Size => 20 + Number * 5; // сюда привязан размер квадратика

    public bool IsActive // сюда привязан цвет фона квадратика
    {
        get => _isActive;
        set
        {
            _isActive = value;
            OnPropertyChanged();
        }
    }

    public Square(int number)
    {
        Number = number;
    }
}

Эта модель позволяет интерфейсу нарисовать квадрат нужного размера и вписать в него нужное число.

Часть 3. View Model

MainViewModel.cs

public class MainViewModel : NotifyPropertyChanged
{
    private static readonly Random _rnd = new Random();

    private ObservableCollection<Square> _numbers;
    private ICommand _shuffleItems;
    private ICommand _sortItems;
    private bool _buttonsEnabled = true;

    // задержка анимации квадратиков в миллисекундах
    public int Delay { get; set; } = 250;

    // сюда привязана кнопка, перемешивающая квадратики
    public ICommand ShuffleItems => _shuffleItems ?? (_shuffleItems = new RelayCommand(parameter =>
    {
        ShuffleNumbers();
    }));

    // сюда привязана кнопка, сортирующая квадратики
    public ICommand SortItems => _sortItems ?? (_sortItems = new RelayCommand(parameter =>
    {
        SortNumbers();
    }));

    // коллекция квадратиков
    public ObservableCollection<Square> Numbers
    {
        get => _numbers;
        set
        {
            _numbers = value;
            OnPropertyChanged();
        }
    }

    // сюда привязана доступность кнопок, для защиты от повторного нажатия
    public bool ButtonsEnabled
    {
        get => _buttonsEnabled;
        set
        {
            _buttonsEnabled = value;
            OnPropertyChanged();
        }
    }

    public MainViewModel() // конструктор
    {
        Numbers = new ObservableCollection<Square>(NumberSequence(1, 10));
    }

    // меняет цвет фона перемещаемого квадратика и меняет его местами с другим квадратиком
    private async Task ExchangeNumberAsync(int oldIndex, int newIndex)
    {
        if (oldIndex == newIndex) 
            return;

        Numbers[oldIndex].IsActive = true; // перекрашивает квадратик в красный

        if (Delay > 0) 
            await Task.Delay(Delay);

        Square item = Numbers[oldIndex];
        Numbers[oldIndex] = Numbers[newIndex];
        Numbers[newIndex] = item;

        if (Delay > 0) 
            await Task.Delay(Delay);

        Numbers[newIndex].IsActive = false; // перекрашивает квадратик в черный

        if (Delay > 0) 
            await Task.Delay(Delay);
    }

    // перемешивает квадратики
    private async void ShuffleNumbers()
    {
        ButtonsEnabled = false;
        try
        {
            for (int i = 0; i < Numbers.Count; i++)
            {
                await ExchangeNumberAsync(i, _rnd.Next(0, Numbers.Count));
            }
        }
        catch (Exception ex)
        {
            MessageBox.Show(ex.Message);
        }
        finally
        {
            ButtonsEnabled = true;
        }
    }

    // сортирует квадратики пузырьком
    private async void SortNumbers()
    {
        ButtonsEnabled = false;
        try
        {
            for (int i = 0; i < Numbers.Count; i++)
            {
                for (int j = i + 1; j < Numbers.Count; j++)
                {
                    if (Numbers[i].Number > Numbers[j].Number)
                    {
                        await ExchangeNumberAsync(i, j);
                    }
                }
            }
        }
        catch (Exception ex)
        {
            MessageBox.Show(ex.Message);
        }
        finally
        {
            ButtonsEnabled = true;
        }
    }

    // если не в курсе, то обязательно поинтересуйтесь, как работают энумераторы
    private IEnumerable<Square> NumberSequence(int start, int length)
    {
        for (int i = start; i < start + length; i++)
        {
            yield return new Square(i);
        }
    }
}

Часть 4. View

А вот и полная разметка интерфейса.

MainWindow.xaml

<Window x:Class="SortTest.MainWindow"
        xmlns="http://schemas.microsoft.com/winfx/2006/xaml/presentation"
        xmlns:x="http://schemas.microsoft.com/winfx/2006/xaml"
        xmlns:d="http://schemas.microsoft.com/expression/blend/2008"
        xmlns:mc="http://schemas.openxmlformats.org/markup-compatibility/2006"
        xmlns:local="clr-namespace:SortTest"
        mc:Ignorable="d"
        Title="MainWindow" Height="450" Width="800">
    <Window.DataContext>
        <local:MainViewModel/><!-- здесь подключается View Model -->
    </Window.DataContext>
    <Window.Resources>
        <Style TargetType="Button">
            <Setter Property="Margin" Value="5"/>
            <Setter Property="Padding" Value="10,5"/>
        </Style>
    </Window.Resources>
    <Grid>
        <Grid.ColumnDefinitions>
            <ColumnDefinition Width="Auto"/>
            <ColumnDefinition/>
        </Grid.ColumnDefinitions>
        <StackPanel>
            <Button Content="Перемешать" IsEnabled="{Binding ButtonsEnabled}" Command="{Binding ShuffleItems}"/>
            <Button Content="Сортировать" IsEnabled="{Binding ButtonsEnabled}" Command="{Binding SortItems}"/>
        </StackPanel>
        <ItemsControl Grid.Column="1" ItemsSource="{Binding Numbers}">
            <ItemsControl.ItemTemplate>
                <DataTemplate>
                    <Border Width="{Binding Size}" Height="{Binding Size}" BorderBrush="Green" BorderThickness="2" Margin="3">
                        <Border.Style>
                            <Style TargetType="Border">
                                <Setter Property="Background" Value="Black"/>
                                <Style.Triggers>
                                    <DataTrigger Binding="{Binding IsActive}" Value="True">
                                        <Setter Property="Background" Value="Red"/>
                                    </DataTrigger>
                                </Style.Triggers>
                            </Style>
                        </Border.Style>
                        <TextBlock Text="{Binding Number}" Foreground="White" HorizontalAlignment="Center" VerticalAlignment="Center" FontSize="18" FontWeight="Bold"/>
                    </Border>
                </DataTemplate>
            </ItemsControl.ItemTemplate>
            <ItemsControl.ItemsPanel>
                <ItemsPanelTemplate>
                    <WrapPanel/>
                </ItemsPanelTemplate>
            </ItemsControl.ItemsPanel>
        </ItemsControl>
    </Grid>
</Window>

Вот, собственно и всё. В классе MainWindow у меня ничего нет, там пусто.

MainWindows.xaml.cs

public partial class MainWindow : Window
{
    public MainWindow()
    {
        InitializeComponent();
    }
}

P.S. Опытные разработчики, не ругайте меня за async void, здесь он использован безопасно, использовал его для упрощения примера. Для автора вопроса: в статье по ссылке в начале ответа рассказано, почему async void - плохо. Так же способ указания DataContext здесь самый простой, но не оптимальный, подробнее можно узнать здесь.