Вывод компилятора портит цветовую тему командной строки

Видимо gcc ничего не знает о Вашей цветовой схеме. У Вас есть такие варианты

• отключить подсветку -fdiagnostics-color=never. можно сделать alias и тогда не нужно будет вводить.
• поправить подсветку под Вашу тему export GCC_COLORS='error=01;31:warning=01;35:note=01;36:caret=01;32:locus=01:quote=01'. Когда подберете правильные значения, сохраните в .bash_rc или подходящий файл.

детали