git конфигурация credential.helper
Почему если параметр credential.helper указан и в system, и в global конфигурации, то имеет силу именно system, тогда как значение из global должно его перекрывать. Выходит, что бы изменить его значение необходимо обязательно редактировать system конфиг (либо удалять от туда, либо менять там). Например с параметром user.name (и другими) всё работает ожидаемо (global перекрывает system), а вот credential.helper противоречит этому поведению.