Смотря что вам больше по душе linux или windows. Разница колоссальна, можно целый трактат написать.

Linux

Плюсы:

• бесплатно
• основанная ось для серверов
• customizable
• и т.д.

Минусы:

• Довольно трудно бывает подключить внешние устройства, типа принтеров, сканеров т.к. драйверов мало. Впрочем все можно "порешать".
• Поддержка в основном "сообществом". Bпрочем это иногда плюс ;)

Windows

Плюсы:

• Поддержка Microsoft.
• Более популярна для десктопа.
• и т.д.

Минусы:

• платная
• не-customizable
• и т.д.

В принципе тут можно очень много чего сказать, но все это — уже есть в гугле. А вы выберете то, что более вам удобно.

P.S Кстати я использую Linux.