Как сделать иерархию файлов, зная только путь к файлам?

Через рекурсию как-то так, наверное. Что положить в value и тд, сам сообразишь, просто передай доп параметром в процедуру то, что тебе необходимо. Нетривиальная задачка кстати :)

    <?php

    function getTree(&$array, $str) {

   $tmp = explode('/', $str);

    //стучимся в дно рекурсии, когда в последнем каталоге нет разделителей
    if($tmp[0] === $str) {
        $array[] = ['name' => $str,
                    'value' => '???',
                    'children' => []];
        return true;//конец
    }
    //иначе путь долгий(нет). Для начала проверяем существование обрабатываемой директории 
    else {
        
        $folder = $tmp[0];//первый фолдер в строке, который нам нужен
        $str = str_replace($folder . '/', '', $str); //оставшиеся кусок строки
        
        foreach($array as $index => $child) {
            
                //Мы ее нашли?! Плюхаемся в нее без всякого создания и сомнений
                if($child['name'] == $folder) { 
                    getTree($array[$index]['children'], $str);
                    return true;//еще один конец
                }
        }
            
        
    }
    
    //Все варианты исчерпали, то просто создаем каталог
    $array[] = ['name' => $folder,
                'value' => '???',
                'children' => []];
                        
    getTree($array[array_key_last($array)]['children'], $str);
}



//собственно сам массив, на выходе древовидного формата,джейсонь его сколько хочешь
$array = ['name' => 'C:/Documents/2020.02/AK/',
          'value' => '',
          'children' => []
         ];


//здесь у тебя плюс минус ориентировочные рекорды, которые ты с базы получаешь после предварительной обработки 
$queryMySQL = ['Document/pupsik',
               'Document/mir/voda/stalin',
               'Images/mir/blyat/domik'];

//бежим по рекордам
foreach ($queryMySQL as $str) {
    getTree($array['children'],$str);
}

var_dump($array);

Можно и без рекурсии обойтись, но с небольшой ссылочной магией

<?php

// Выборка из БД
$rows = getRows();

// Длина обрезки
$remove = mb_strlen('C:\Documents\2020.02\\');

// Результат
$result = [];

// Ссылки на подкаталоги
$links = [];

// Обходим массив
foreach ($rows as $row) {

    // Ссылаемся на корень результирующего массива
    $current = &$result;

    // Обрезаем путь
    $path = mb_substr($row['file_patch'], $remove);

    // Обходим папки пути
    foreach (explode('\\', $path) as $dir) {

        /*
         * Если нужной папки нет в результирующем массиве, добавляем.
         * Для удобства навигации в качестве ключа будем использовать
         * имя папки
         */
        if (!array_key_exists($dir, $current)) {
            $current[$dir] = [
                'name' => $dir,
                'value' => [
                    'flag' => 'icon-folder',
                    'id_file' => $dir,
                ],
                'children' => [],
            ];
        }

        // Добавляем ссылку, чтобы потом ассоциативный массив преобразовать в обычный
        $links[] = &$current[$dir];

        // Меняем ссылку на нижний уровень для следующей итерации
        $current = &$current[$dir]['children'];
    }

    // добавляем в конечную папку файлик
    $current[] = [
        'name' => $row['name_file'],
        'value' => [
            'isTeam' => true,
            'flag' => 'icon-' . pathinfo($row['name_file'], PATHINFO_EXTENSION),
            'id_file' => $row['ID'],
            'pages' => $row['pages'],
        ],
        'children' => [],
    ];
}

// Проходим по нашим ссылкам и преобразуем их в обычные массивы
foreach ($links as $link) {
    $link['children'] = array_values($link['children']);
}

// очищаем указатели ссылки и массив ссылок
unset($current, $link, $links);

// преобразуем результирующий массив в обычный
$result = array_values($result);

// готово
print_r($result);

function getRows()
{
    return [
        [
            'ID' => 1,
            'name_file' => '11.pdf',
            'file_patch' => 'C:\Documents\2020.02\АК\Документы',
            'pages' => 15,
        ],
        [
            'ID' => 2,
            'name_file' => '12.pdf',
            'file_patch' => 'C:\Documents\2020.02\АК\Документы\Срочное',
            'pages' => 26,
        ],
        [
            'ID' => 3,
            'name_file' => '13.docx',
            'file_patch' => 'C:\Documents\2020.02\АК\Документы\Не срочное',
            'pages' => 35,
        ],
        [
            'ID' => 4,
            'name_file' => '555.docx',
            'file_patch' => 'C:\Documents\2020.02\АК\Приказы',
            'pages' => 88,
        ],
        [
            'ID' => 5,
            'name_file' => '777.docx',
            'file_patch' => 'C:\Documents\2020.02\АК\Приказы',
            'pages' => 10,
        ],
        [
            'ID' => 6,
            'name_file' => '25.pdf',
            'file_patch' => 'C:\Documents\2020.02\АК\Справки',
            'pages' => 1,
        ],
        [
            'ID' => 7,
            'name_file' => '54.pdf',
            'file_patch' => 'C:\Documents\2020.02\АК\Справки',
            'pages' => 1,
        ],
        [
            'ID' => 8,
            'name_file' => '25.pdf',
            'file_patch' => 'C:\Documents\2020.02\АК\Остальные доки',
            'pages' => 15,
        ],
        [
            'ID' => 9,
            'name_file' => '2323.docx',
            'file_patch' => 'C:\Documents\2020.02\АК\Остальные доки\Картинки',
            'pages' => 25,
        ],
        [
            'ID' => 10,
            'name_file' => '23.pdf',
            'file_patch' => 'C:\Documents\2020.02\АК\Остальные доки\Рабочее\хлам',
            'pages' => 23,
        ],
    ];
}