Как сравнить два xml файла и добавить недостающие строки во второй файл? Python

Можно попоробовать решить данную задачу путём расстояния Левенштейна (или другого редакционного расстояния). Оно позволяет работать как со словами на уровне символов, так и с предложениями/узлами на уровне слов. Вычисляете минимальное число вставок, удалений и замен и запоминаете места, где произошли изменения.

О чём стоит подумать, так это над тем, как будете представлять узлы. Может, придётся вычислять хеш-функцию каждый узел (включая имя узла, атрибутов, текст), а потом сравнить узлы у двух деревьев. Тогда встаёт уже несколько иная задача - об изоморфизме графов (проверка того, является ли второй граф по структуре таким же, как и первый).