Сравнить два файла по одинаковым фрагментам и поместить их в третий файл

Нужно написать программу, что сравнивает два текстовых файла и помещает однаковые фрагменты в третий файл. Изначально озадачился словом "фрагмент". Я спросил у преподавателя, что имееться ввиду. Мне ответили что одинакоый фрагмент это последовательность символ совпадающая по позиции в файлах. Но, честно говоря я все равно не совсем понял. Допустим у меня есть две строки, у первой содержимое первого файла, у второй - второго соотвественно. Но как именно мне сравнивать это сроки, честно говоря, не понятно...