программа на electron работает неправильно, если запустить через ярлык

Проблема может быть в текущем каталоге. Когда вы запускаете программу напрямую (скажем, щелкаете по ней в Проводнике), текущим каталогом становится каталог самой программы. Когда вы запускаете через ярлык, может быть по-разному: если каталог не указан в свойствах ярлыка, текущим станет каталог самого ярлыка. Также в ярлыке можно установить дополнительные параметры запуска, в которых может быть ошибка. В общем, проверьте свойства ярлыка, нет ли там лишнего или не пропущено ли чего.