Переопределить функцию

1. Если функция висит на каком-то хуке, то можно снять ее с хука и поставить свою

remove_action( 'wp_head', 'plugin_function', 20 );

add_action( 'wp_head', 'my_function', 20 );

2. Если функция стоит в конструкции

if (!function_exists('my_function')) {
   function my_function() {
   }
} 

то можно эту функцию повторно определить в functions.php темы (он грузится раньше плагинов) и тогда плагин будет работать с Вашей функцией из темы