что делает useCreateIndex в mongo

By default, Mongoose 5.x calls the MongoDB driver's ensureIndex() function. The MongoDB driver deprecated this function in favor of createIndex()

Как видим из документации Mongo:

createIndex(fieldOrSpec, options, callback) creates an index on the db and collection collection.

ensureIndex(fieldOrSpec, options, callback) ensures that an index exists, if it does not it creates it

Короче говоря, опция { useCreateIndex: true } заставляет mongoose использовать createIndex() вместо ensureIndex(), чтобы не было предупреждения о использовании выпиленных из Mongo фич.