Как запустить.js файл?

Судя по всему, вы не до конца понимаете область применения языка JavaScript и его отличия от Java. Более опытные товарищи уже успели посмеяться над вами в коментах выше - расшифрую.

1. Javascript не имеет никакого отношения к Java (название было выбрано в маркетинговых целях). Таким образом, вы никак не сможете конвертировать ваш скрипт на JS в JAR-файл. Разве что вручную перепишите ваш код на Java.
2. Основными средами выполнения JS являются браузеры и Node.js. С браузером вы уже знакомы - там JS используется для создания интерактива на страницах - фронтэнд разработка. Node.js используется для написания движков сайтов - бекэнд разработка. Так же, в качестве виртуальной машины для запуска системных скриптов - но реже. Судя по всему, раз ваша змейка запускалась на сайте, она реализована как фронтэнд-скрипт. Я не специалист по JS, но про запуск фронтенд-скриптов отдельно от браузера я не слышал. Компромиссным вариантов может быть запуск скрипта на Electron - это такой браузерный движок, для создания десктопных приложений с помощью html + css + javascript. Думаю вам нужен именно он.