Ошибка в откр. файла. Пишет, что нету такого файла

Такого файла нет в директории из которой запущен скрипт и это не одно и тоже с директорией где скрипт расположен. Попробуйте так:

import re
import os

# Получить текущую директорию, где расположен скрипт
dr = os.path.abspath(__file__)
path, file = os.path.split(dr)
path += os.path.join(path + "\\")

input_file = open(path + 'progr.txt', 'r')
resultfile = open(path + 'result.txt', 'w')
mytext = input_file.read()

results = re.sub(r"<!-.*?->", '', mytext)
resultfile.write(results)

input_file.close()
resultfile.close()

Или тоже самое через pathlib

import re
from pathlib import Path 

DIR = Path(__file__).resolve().parent

input_file = open(DIR / 'progr.txt', 'r')
resultfile = open(DIR / 'result.txt', 'w')
mytext = input_file.read()

results = re.sub(r"<!-.*?->", '', mytext)
resultfile.write(results)

input_file.close()
resultfile.close()