Использование ~. (Tilde) в R

судя по описанию функции formula():

The - operator removes the specified terms, so that (a+b+c)^2 - a:b is identical to a + b + c + b:c + a:c.

запись формулы вида example ~ .-var1 -var2 вполне допустима и означает именно то, что вам требуется — исключение указанных переменных.

проверим. вот все переменные участвуют:

lm(mpg~.,mtcars) %>% coefficients %>% names
#>  [1] "(Intercept)" "cyl"         "disp"        "hp"          "drat"       
#>  [6] "wt"          "qsec"        "vs"          "am"          "gear"       
#> [11] "carb"

а теперь попробуем исключить парочку:

lm(mpg~.-cyl-disp,mtcars) %>% coefficients %>% names
#> [1] "(Intercept)" "hp"          "drat"        "wt"          "qsec"       
#> [6] "vs"          "am"          "gear"        "carb"

действительно, эти переменные не участвовали в построении модели.

^{Created on 2021-04-06 by the reprex package (v0.2.1)}