Проблема в смене значений в sqlite3 (Python)

Используй выборку с rowid

Select rowid, * from tbl;

Изменяй данные по этому идентификатору

Update tbl(id) set (5) where rowid = 3;

Этот столбец не столбец, а номер строки в базе, по нему не построить индекс и может быть изменен при выгрузке загрузке данных. Зато подходит как временный идентификатор для строк без уникального столбца.