Смена кодировки java

Это скорее всего так в файле "зашифрована" кириллица. Т.е. это, как уже писал Agzam4, html-коды. Они представляют из себя знаки &# цифры и ;. Цифры - это значение из таблицы символов Unicode. Т.е. по сути, из файла нужно найти все эти HTML коды и перевести в символы Unicode.

Если не использовать сторонние библиотеки, то можно написать что-то вроде такого:

public static void main(String[] args) {
    String text = "Рубрика \"Мои любимые буквы\". Первая буква это \"т\", " +
            "вторая \"о\" ну и последняя, вообще так себе буква но ладно - \"р\".";

    System.out.println(replaceHtmlToUtf(text));
}

//заменяем все html коды на utf
public static String replaceHtmlToUtf(String text) {
    //задаём ___шаблон___ подстроки, которую будем искать в тексте
    //Шаблон &#\\d{4}; будет соответствовать подстроке &#4цифры;
    //Примеры: т Ϩ ✆ Ӓ Ҽ и т.д.
    Pattern pattern = Pattern.compile("&#\\d{4};");
    Matcher matcher = pattern.matcher(text);

    //Если в тексте есть совпадения с подстрокой, то find вернёт true
    while (matcher.find()) {
        //А group вернёт подстроку, совпавшую с шаблоном
        String sub = matcher.group();
        //Отправляем в метод, который переведёт html код (его содержит sub) 
        //в символ юникода
        char utfChar = htmlToUtf(sub);
        //заменяем найденую подстроку(ки) на символ, который вернул метод
        text = text.replace(sub, String.valueOf(utfChar));
    }

    return text;
}

//Достаём из &#число; число, парсим (перводим в int) и затем переводим в уже символ (char)
//этот char возвращаем как результат
public static char htmlToUtf(String htmlChar) {
    return (char) Integer.parseInt(htmlChar.substring(2, 6));
}

На выходе получаем:

Рубрика "Мои любимые буквы". Первая буква это "т", вторая "о" ну и последняя, вообще так себе буква но ладно - "р".

Если у вас в файле подстроки именно такого формата "&#1090 ;&#1086 ;&#1088 ;" (с пробелом после цифр), то шаблон нужно поменять на "&#\\d{4}\\s;"

Если вдруг эти подстроки (&#1090 ;&#1086 ;&#1088 ;) не символы юникода, то меняя логику метода htmlToUtf можно переводить их в те символы, которые таким образом зашифрованы