Заменяет знак вопроса при скачивании через wget

знак вопроса не очень хороший символ в имени файла. wget делает все правильно. Представьте себе, что удаленный сервер передаст имя файла в виде ../../etc/passwd. И есть шансы, что все пойдет немного по другому. А удаленный сервер может в теории вписать туда все, что угодно.

Но если очень хочется, то можно wget попросить

--restrict-file-names=modes

где modes

• unix меняем/ и control characters в диапазоне 0--31 и 128--159.
• windows меняем \, |, /, :, ?, ", *, <, >, и control characters в диапазона 0--31 и 128--159. - это то, что срабатывает у Вас
• nocontrol - выключить замену символов (похоже, это то что Вам нужно, но оно опасно!)
• ascii - заменять все не аски символы (больше кода 127)
• lowercase - все в нижний регистр
• uppercase - все в верхний регистр

Думаю, что Вам нужно попробовать --restrict-file-names=unix или --restrict-file-names=ascii