Как в Pandas удалять столбцы, где кол-во уникальных значений меньше 5%

Попробуйте так:

threshold = 0.05
res = df.loc[:, (df.nunique() / len(df)) >= threshold]

PS если размерность вашего фрейма на самом деле - (5, 3000), то вы таких столбцов не найдете, т.к. минимальное процентное соотношение уникальных значений в столбце с пятью значениями (5 строк) - это 1/5 или 20%.