Почему не работает код на Java

nextInt() не читает следующий символ новой строки, поэтому первая nextLine() (которая возвращает оставшуюся часть текущей строки) всегда будет возвращать пустую строку.

Попробуйте, например, изменить свой код так:

Scanner scanner = new Scanner(System.in);
System.out.println("Width:");
int width = scanner.nextInt();
System.out.println("Height:");
int height = scanner.nextInt();
System.out.println("Name:");
String name = "";
while (!(name = scanner.nextLine()).isEmpty()) { //проверка на пустую строку, когда еще ничего не введено
    GUI frame = new GUI(name, width, height);
}

Либо же, если это не важно, поставить name в начале.

 Scanner scanner = new Scanner(System.in);
      System.out.println("Name:");
      String name = scanner.nextLine();
      System.out.println("Width:");
      int width = scanner.nextInt();
      System.out.println("Height:");
      int height = scanner.nextInt();
 GUI frame = new GUI(name, width, height);