Определить, что больше всего места на диске занимает

ncdu запустить. Она построит дерево директорий с указанием размеров

Я использую с ключем -x, чтобы она не выходила за границы ФС

Disk Usage Analyzer (также известен как baobab)

Можно и не перебирать руками, а использовать *, чтобы на одном уровне размер всех каталогов посмотреть:

du -sh /*

Или даже на два уровня:

du -sh /*/*

Но визуальные тулзы, конечно, нагляднее.