Как с помощью linq отсеять элементы в двух массивах?

Попробовал немного оптимизировать

static void Main(string[] args)
{
    int[] qw = Array.Empty<int>();

    List<string> words1 = new List<string>();
    List<string> words2 = new List<string>();
    using (var sr = new StreamReader("russian.txt"))
    {
        while (!sr.EndOfStream)
        {
            string word = sr.ReadLine();
            if (word.Length == 8 && Check(word, qw))
                words1.Add(word);
            else if (word.Length == 7 && Check(word, qw))
                words2.Add(word);
        }
    }
    // для контроля уникальности используем специально оптимизированные для этого коллекции
    HashSet<string> result1 = new HashSet<string>();
    HashSet<string> result2 = new HashSet<string>();

    for (int i = 0; i < words1.Count; i++)
    {
        string w1 = words1[i]; // кешируем ссылку на строку, чтобы не обращаться много раз через индекс
        for (int j = i + 1; j < words2.Count; j++)
        {
            string w2 = words2[j];
            if (w1[0] == w2[0] && w1[4] == w2[2] && w1[7] == w2[6])
            {                        
                result1.Add(w1);
                result2.Add(w2);
            }
        }
    }

    File.WriteAllLines("words1.txt", result1);
    File.WriteAllLines("words2.txt", result2);
    Console.ReadKey();
}

// индексы должны быть уникальны и отсортированы по возрастанию
// если нет индеков для исключения, массив индексов должен быть пустым
static bool Check(string str, int[] indexes) 
{
    string word = str.ToLower();
    if (indexes.Length == 0)
        return word.Distinct().Count() == word.Length;

    HashSet<char> distinct = new HashSet<char>();
    int i = 0;
    while (true)
    {
        while (Array.BinarySearch(indexes, i) >= 0)
            i++;
        if (i == word.Length)
            break;
        if (!distinct.Add(word[i++]))
            return false.
    }
    return true;
}

Если у вас так быстро выполняется, не могли бы, пожалуйста, добавить третье слово из 6 букв с условием w1[0] == w2[0] && w1[4] == w2[2] && w1[7] == w2[6]&& w3[1] == w2[1] && w3[3] == w1[3] && w3[4] == w2[2] && w3[4] == w1[4] и скинуть результаты?

3 уровня вложенности - это очень долго, я бы сказал - кубическая сложность здесь будет выполняться вечность, но вот, я немного распараллелил код на уровне внешнего цикла, он кушает весь процессор полностью.

static async Task Main(string[] args)
{
    int[] qw = Array.Empty<int>();

    List<string> words1 = new List<string>();
    List<string> words2 = new List<string>();
    List<string> words3 = new List<string>();
    using (var sr1 = new StreamReader("russian.txt"))
    {
        while (!sr1.EndOfStream)
        {
            string word = sr1.ReadLine();
            if (word.Length == 8 && Check(word, qw))
                words1.Add(word);
            else if (word.Length == 7 && Check(word, qw))
                words2.Add(word);
            else if (word.Length == 6 && Check(word, qw))
                words3.Add(word);
        }
    }

    Console.WriteLine(string.Join(" ", words1.Count, words2.Count, words3.Count));

    HashSet<string> result1 = new HashSet<string>();
    HashSet<string> result2 = new HashSet<string>();
    HashSet<string> result3 = new HashSet<string>();

    using SemaphoreSlim semaphore = new SemaphoreSlim(Environment.ProcessorCount * 2);
    List<Task> tasks = new List<Task>();
    for (int i = 0; i < words1.Count; i++)
    {
        await semaphore.WaitAsync();
        Console.Write(i + " ");
        string w1 = words1[i];
        int ii = i;
        tasks.Add(Task.Run(() =>
        {
            for (int j = ii + 1; j < words2.Count; j++)
            {
                string w2 = words2[j];
                for (int k = j + 1; k < words3.Count; k++)
                {
                    string w3 = words3[k];
                    if (w1[0] == w2[0] && w1[4] == w2[2] && w1[7] == w2[6] && w3[1] == w2[1] && w3[3] == w1[3] && w3[4] == w2[2] && w3[4] == w1[4])
                    {
                        lock (result1) result1.Add(w1);
                        lock (result2) result2.Add(w2);
                        lock (result3) result3.Add(w3);
                    }
                }
            }
            semaphore.Release();
        }));
    }
    await Task.WhenAll(tasks);
    Console.WriteLine(string.Join(" ", result1.Count, result2.Count, result3.Count));

    File.WriteAllLines("words1.txt", result1);
    File.WriteAllLines("words2.txt", result2);
    File.WriteAllLines("words3.txt", result3);
    Console.WriteLine("Done.");
    Console.ReadKey();
}

Добавил Console.Write во внешнем цикле, чтобы отслеживать позицию.