Jar файл проекта не содержит зависимости(не запускается без среды разработки)

Привожу в порядок старый Open Source проект. Решил со сборки Ant перевести на Gradle. Некоторые библиотеки подтянул из mvnCentral, некоторые сам написал и загрузил на GitHub, через JitPuck подтягиваю в проект. Проблема состоит в том, что при запуске из jar файла, через linux-терминал, он выводит ошибку:

Error: Unable to initialize main class org.opensourcephysics.cabrillo.tracker.Tracker
Caused by: java.lang.NoClassDefFoundError: org/opensourcephysics/display/OSPFrame

Сам проект с классом org/opensourcephysics/display/OSPFrame подтягиваются через зависимости JitPack. Понять не могу в чем проблема, так как через среду разработки собирается и запускается без проблем. Разархивировал сам jar, а там только файлы и классы проекта Tracker(непосредственно, мой проект).

Gradle:

plugins {
    id 'java'
}

jar {
    manifest {
        // This is where the Main class is specified for launching applications (otherwise the jar will not start)
        attributes 'Main-Class': 'org.opensourcephysics.cabrillo.tracker.Tracker'
    }
}

group 'org.osptracker'
version '1.0-SNAPSHOT'

repositories {
    mavenCentral()
    // Added JitPack for working with dependencies via GitHub
    maven { url 'https://jitpack.io' }
}

dependencies {
    compile group: 'com.nativelibs4java', name: 'bridj', version: '0.7.0'

    implementation 'com.github.OpenSource-Physics-Tracker:AppleJavaExstensions:70fb48e5fe'
    implementation 'com.github.OpenSource-Physics-Tracker:OpenSourcePhysics:0770a07'
    implementation 'com.github.OpenSource-Physics-Tracker:FFMpeg:ef6949741c'

    compileOnly 'org.projectlombok:lombok:1.18.8'
    annotationProcessor 'org.projectlombok:lombok:1.18.8'
}

Как видно, среда разработки подтягивает данную библиотеку через зависимости: