Файлы удаляются при merge GIT

Долгое время пользовался GIT'ом, но проблемы набросились только сегодня

Структура

branch: master
... еще 7 папок вне 
└── blueprints
    └── create
        ├── questions.py
        ├── sa
        ├── section_items.py
        ├── survey.py
        ├── tag.py
        └── variations.py

Я создаю новую ветку и пытаюсь работать в "идеальной" обстановке

git checkout -b audition

После я удаляю все папки и файлы кроме папки blueprints

git rm -r --cached .
git rm -rm .

В этой папке я создаю папку (модуль) audition и все остальное. Делаю commit.
Итог:

branch: audition
только эта папка
└── blueprints
    └── audirion
        ├── home.py
        ├── section_items_audirion.py
        ├── storm.py
        ├── postm.py
        └── airblob.py

Теперь я хочу соеденить ветку audition с master

git checkout master
git merge --no-ff -m "Merge audition module" audition

В итоге я получаю на ветке master, структу ветки audition и ничего более! Все файлы которые были вне blueprints исчезли, папка create тоже...

Что я не так делаю?