JavaScript без HTML и CSS

Хочу начать учить JavaScript для бэкенда (node.js). Вопрос: можно ли начать учить без знаний HTML & CSS?

Конечно, это самостоятельные языки. Просто не надо изучать работу с DOM'ом и глобальные браузерные сущности, а вместо них посмотреть на стандартные модули nodejs. Ну и вместо подключения скриптов к странице смотреть систему модулей.

Смогу ли я применить на стадии обучения JavaScript без HTML & CSS?

Для BE - да. Например, какие-то серверы api или боты для телеграма, контакта. Ну и всякие вычислительные задачи (хотя для nodejs это крайне сомнительное применение в силу однопоточности), обработка файлов и всё, что можно упихать в консольное приложение - это само собой.

Хочу писать приложения под десктоп

А вот тут косяк. Сама по себе нода не предоставляет ничего для графического интерфейса. Наиболее популярен electron, который позволяет писать кроссплатформенные приложения на ноде, но в качестве UI выступает окно со встроенным в него браузером (хромом или хромиумом - не уверен), соответственно разработчик пишет на html+css+js. Таким образом написаны Slack, Skype и Telegram (если не ошибаюсь).

и возможно, под Android & iOS.

В принципе тут помимо электрона появляется ещё несколько фреймвёрков. Но наиболее популярные кроме react native - это снова html. React native со своим jsx тоже похож на html, но на самом деле строится из нативных компонентов, поэтому может оказаться, что знания html и css будут не очень-то и нужны. Хотя я на нём не писал и гарантировать не могу.