Есть ли инструмент, который будет автоматически создавать индексы mysql на основе медленных запросов?

Нет, не существует продукта, который автоматически выполнял бы создание индекса на основании slow query. По крайней мере, для MySQL.

Существуют инструменты, которые определяют медленные запросы и даже автоматически запускают EXPLAIN, например pt-query-digest. Но какие индексы ставить - зависит только от вас и от вашего кода. Существует слишком много сценариев, когда вы правильнее создать индекс отличный от очевидного в slow query (а может быть проще композитный или переписать запрос) или не создавать рекомендуемый индекс, так как просадка выполнения произошла из-за железа или стороннего процесса.

Важно помнить, что очень много индексов тоже плохо, а автоматизация этого процесса может сделать ситуацию гораздо хуже.