Не клонируется проект с гитхаба, из директории проекта магически пропадают папки

Проблема: когда клонирую свой проект с гитхаба, почему-то в директорию назначения приходят только папка .git и два файла (README и LICENSE). Остальные папки (app, в которой весь код проекат и все файлы связанные с Gradle) просто не доходят.

Может кто-то знает в чем соль?

Я пользуюсь приложением Github Desktop.

PS Вообще все началось с того, что неделю назад у меня внезапно из папки пропали все файлы проекта и те что с пометкой Gradle (не могу точно сказать после чего, так как я просто работал как обычно, писал код и тестировал на телефоне). Причем не только от этого проекта, а еще двух других, хотя остальные проекты, что в той же папке, остались целостными. Я как-то смог их восстановить с гитхаба (уже не помню как) а все что не успел пушнуть - пришлось писать заново. Сегодня снова эти файлы пропали. Пытаюсь заклонировать с гитхаба, но доходят вот только вышеперечисленные файлы README, LICENSE и папка .git, которые похоже и так не пропадали. Буду благодарен за любые пподсказки.