Затираются изменения в файлах из git-репозитория

Не так давно столкнулся со следующей проблемой. Начинаю редактировать файл из репозитория git. Редактирую его некоторое время, пытаюсь сохранить, а редактор выдает сообщение о том, что сохранение невозможно, ибо файл был изменен внешней программой. При сравнении изменений видно, что каким-то образом файл был перезаписан на ту версию, которая была до начала редактирования. Сначала я грешил на SmartGit, но это продолжалось и тогда, когда он не был запущен. Потом начал грешить на редактор kate, однако, всё то же самое происходит и в VS Code. Может, кто сталкивался с таким? Я работаю под Linux Mint 19.