Нужно ли использовать разные таблицы хранения комментариев в подобном проекте?

Зная только структуру, дать какой-то конкретный ответ нельзя. Нужно знать, что с этими комментариями будет совершаться.

Например, если они будут тупо сохраняться/выводиться/удаляться и стандартные выборки по материалу, автору и т.п., то одной таблички вполне хватит хоть на пару миллионов записей (только индексы правильно проставить нужно).

Если же будет какой-то сложный поиск по содержимому этих коментов или какая-то дичь типа морфологического анализа прилагаемых файлов, то придется городить доп. структуры данных (не обязательно/только таблицы, может файловую БД или еще что-то). Но нужно знать "что, где, куда"...