Как преобразовать файл .py в .exe без PyInstaller?

Не пробовали использовать auto-py-to-exe?

pip install auto-py-to-exe

Для использования в консоли необходимо прописать:

auto-py-to-exe

Для программы на cython нужна будет папка с питоном.

Но если папку все равно таскать, то возьми файл pip.exe, скопируй, переименуй. Открой через 7zipFM и замени содержимое __main__.py своим файлом.

Это можно сделать без хака если оформить вашу программу модулем для setuptools.

from setuptools import setup
setup(name='some-name',
      ...
      entry_points = {
              'console_scripts': [
                  'command-name = package.module:main_func_name',                  
              ],              
          },
)