Как сделать так, чтобы в рабочей директории проекта Python все папки внутри неё так же входили в область директории?

Чтобы использовать файлы из директорий, который находятся внутри вашей, можно не указывать весь путь целиком, а только последнюю папку. Например, если проект находится в папке dir1, то вместо

with open('C:/Users/user/dir1/dir2/file.txt') as file:
    print(file.read())

Можно писать

with open('dir2/file.txt') as file:
    print(file.read())