из главного скрипта python нужно включать и выключать другой скрипт

Данным кодом:

from project import script2 as scr2
scr2.main()

вы просто делаете обычный импорт модуля и обычный вызов функции. Функция будет выполнятся до своего завершения либо аварийного выхода с ошибкой, и тут нет какой-то возможности управлять выполнением этой функцией "снаружи" - из первого скрипта, так как "снаружи" никакого кода не выполняется - вы передали управление во второй скрипт.

Возможно то что вы ищете - это запуск второго скрипта в отдельном потоке или процессе, которым можно будет управлять например через threading.Event.