Alembic перехватывает stderr

Пишу микросервис на fastapi. Использую alembic внутри кода для создания миграций

def check_and_run_migrations():
    logger.info("Database check")
    orig_stderr = sys.stderr
    alembic_cfg = Config("alembic.ini")
    try:
        command.check(alembic_cfg)
    except CommandError:
        logger.warning("The Database is out of date. Update....")
        command.upgrade(alembic_cfg, "head")

    sys.stderr = orig_stderr

пробую сохранить stderr но это не работает. Если в коде возникает исключение, то оно вызывается, но не выводится в консоль